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罗伯特·k·布伦纳，詹姆斯·c·菲利普斯，拉克希康特V. Kalé， ＂大型生物分子系统的可扩展分子动力学"，科学的规划， 卷。8， 文章的ID750827， 13 页面， 2000． https://doi.org/10.1155/2000/750827
大型生物分子系统的可扩展分子动力学
收到了
2001年6月26日
接受
2001年6月26日
摘要
我们提出了一个优化的并行化方案，用于大型生物分子系统的分子动力学模拟，并在生产质量分子动力学程序NAMD中实现。通过一个基于对象的混合力和空间分解方案，以及一个积极的基于度量的预测负载平衡框架，我们已经获得了比目前任何文献报道的都要高得多的速度和加速。本文首先总结了我们所追求的广义并行化方法，以及我们所使用的基本并行化方案。然后描述有助于提高性能的优化，并给出基准模拟的性能结果。
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