国际杂志基因组学

一些研究表明，在远端末梢（HOTTIP）HOXA成绩单发挥在肿瘤和各种​​癌症的发展具有重要的作用。我们的目标是调查透明细胞肾细胞癌（肾透明细胞癌）的表达和HOTTIP的预后价值。进行考研，文摘，医学，科学数据库的Web的系统评价来选择相关HOTTIP表达和不同癌症的临床结果之间的关系符合文献。的HOTTIP水平和总生存率（OS），淋巴结转移（LNM），或临床阶段之间的关联随后进行分析。存活分析是在从生物信息学使用方法的癌症基因组图谱（TCGA）大队列超过500名患者肾透明细胞癌的进行。十七，共有1594例13种癌的研究被纳入分析。结果表明，高HOTTIP表达可以在癌症患者中预测更坏的结果，具有2.34（95％置信区间（CI）1.96-2.79汇集危险比（HR）， )。结果还表明，升高的HOTTIP表达与更LNM相关（ ,95％CI 1.91-3.58， )和先进的临床分期（ ,95％CI 2.58-4.93， )。我们进一步验证了在整个TCGA数据集和不同的临床层(如年龄、年级和阶段)中，热尖端表达较高的ccRCC患者往往有不满意的结果。患者肿瘤体积较大，易转移，临床分期较晚，病理分级较高。这些结果表明，热提示表达的增加可能作为ccRCC患者的一种新的预后标志物。

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异构核核糖核蛋白（HNRNPs）是许多癌症的发生和发展的关键成员。然而，表达模式和在乳腺癌HNRNPs的临床意义（BC）还有待研究。在本研究中，生物信息学分析鉴定HNRNPAB如BC唯一通常上调核蛋白。HNRNPAB的升高的表达与更积极的疾病和更差的BC生存率相关联。途径分析揭示HNRNPAB共表达的基因在G2 / M相变的通路中富集，并且HNRNPAB的表达水平是紧密联系在一起的那些CCNB1，CDK1，CDC25A，CDC25C和的相关性。实验体外证明HNRNPAB敲低抑制细胞增殖和阻止在BC的G2 / M相变。两者合计，该研究提供初始的证据表明，HNRNPAB可以用作一种创新的治疗靶标，以及在BC患者的预后生物标志物。

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背景。脓毒症是威胁生命的病症和由感染驱动的全身炎症反应综合征（SIRS）。本研究旨在调查微小RNA-103（的miR-103）的在脓毒症患者的表达，评价其诊断价值，和探索的miR-103的对LPS诱导的炎症的单核细胞中的调节作用。方法。使用定量实时PCR测定的miR-103的表达。一种接收机工作特性曲线作图来评价的miR-103的诊断谷。使用ELISA促炎细胞因子的血清和细胞上清液的水平进行了分析。使用萤光素酶报道试验中分析的miR-103和Toll样受体4（TLR4）之间的相互作用。在LPS处理的单核细胞进行了检查的miR-103的对炎症的影响。结果。与健康对照组相比，非感染性SIRS和脓毒症患者血清中miR-103的表达降低，且在脓毒症患者中最低表达(均为阴性) )。的miR-103的血清水平从SIRS患者和健康对照区分脓毒症患者相当诊断的准确性。呈负相关的miR-103和在脓毒症患者的炎症反应之间找到。TLR4被证明是的miR-103的直接靶和受miR-103在单核细胞呈负调控。在单核细胞通过LPS的促进炎症应答通过的miR-103的过表达逆转。结论。所有的数据表明，降低血清中脓毒症患者的miR-103用作一个有前途的非侵入性诊断的生物标志物，并且可以在脓毒症的发病机制通过经由靶向TLR4调节炎症反应有关。

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本研究从菠萝基因组中鉴定出57个碱性亮氨酸拉链(leucine zipper, bZIP)基因，重点分析这些bZIP基因在多次重复事件后与菠萝基因组融合相关的进化和分化。根据系统发育树的生物信息学分析，将菠萝bZIP基因家族分为11个亚组，拟南芥和大米;基因结构和保守的基序分析结果表明，在同一子组内的bZIP基因共享类似的内含子 - 外显子组织和基序组成。而且同线性分析显示27个的bZIP基因17个片段复制事件。该研究还分析了不同组织，器官和发育阶段的bZIP基因的菠萝基因的表达，以及在非生物胁迫的响应。该RNA测序数据显示，AcobZIP57所有组织，包括营养组织和生殖组织均上调。AcobZIP28和AcobZIP43与其他25个的bZIP基因一起没有表现出任何组织的高表达水平。六的bZIP基因暴露于非生物胁迫，并通过定量实时PCR进行检测的相对表达水平。观察到甲显著响应AcobZIP24against all kinds of abiotic stresses at 24 and 48 h in pineapple root tissues. Our study provides a perspective for the evolutionary history and general biological involvement of the bZIP gene family of pineapple, which laid the foundation for future functional characterization of the bZIP genes in pineapple.

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用于关联多个遗传变异体的同时进行测试被广泛认为是一种有价值的补充方法的单标志物的测试。因此，主成分回归（PCR）已被发现具有竞争力。我们专注于探索一个强大的测试所有SNP的一个未知的遗传模式，群体的未知Hardy-Weinberg平衡（HWE），以及大量的所有SNP的。首先，我们通过使用所有的标记和PCR共显性码的方式提出了新的全球测试。新的全球试验是建立在一个经验贝叶斯型分数统计测试边际协会与每个单个标记。通过利用强劲的控制人口的Hardy-Weinberg平衡和有效利用测试标记之间的连锁不平衡的新的全球性测试的收益能力。当每个标记基因型被编码为次要等位基因的数目的新的全局测试简化为PCR。这种连接借给洞察全局相对于PCR和其他一些流行的多标志物的测试方法新的测试的能力。第二，我们提出了基于新的全球测试和建立在预期的分数统计测试边际协会与当每个标记基因型通过取编码为未成年人的等位基因数每个单个标记的普通PCR检测一个强大的测试方法最低限度这两项测试的值。最后，通过广泛的模拟研究，胰腺癌和某些感兴趣的基因之间的关联分析，我们表明，建议稳健的测试方法有理想的功率，并且常常可以识别出可能被现有方法错过的关联信号。

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黑胡椒 （Piper初步）是使用范围从烹饪到药理及应用的重要香料作物。然而，有限的遗传信息，制约了花和果实发育的黑胡椒的分子调控的理解。在这项研究中，三个不同的黑胡椒品种间的比较，Semengok阿曼（SA），古晋（KC）和Semengok 1（S1），具有不同特色水果来提供花和果实发育的基因调控的洞察力。新一代测序（NGS）技术被用来确定一个Illumina的HiSeq 2500平台，然后通过测序花朵和果实转录从头使用SOAPdenovo-Trans组装。66,906条unigenes的高质量组装中，与GenBank数据库的一个或多个蛋白序列相似的基因序列占到43,115条基因序列的64.4%。Blast2Go注释将37377个基因指定给一个或多个基因本体术语。在这些基因中，5874个基因进一步与KEGG数据库中记录的生物通路相关。通过对3个不同黑胡椒品种的花和果实转录组数据进行比较，发现SA品种的花和果实之间存在大量DEGs。基因本体论(Gene Ontology, GO)富集分析进一步支持了花与果实间的DEGs在碳水化合物代谢过程、胚胎发育、DNA代谢过程等方面的功能，而果实中的DEGs与生物合成过程、次生代谢过程、分解代谢过程有关。对KEGG途径中DEGs的富集也进行了研究，发现大量基因属于核苷酸代谢和碳水化合物代谢两大类。花形成相关基因的基因表达谱显示，除了调控黑胡椒的开花，开花基因还可能参与果实发育过程。不同水果品种的糖转运体和碳水化合物代谢基因转录分析表明，黑胡椒果实的碳水化合物代谢受发育调控，部分基因可能成为未来作物品质改良的潜在基因。对piperine相关基因表达分析的研究表明赖氨酸衍生产物可能存在于果实发育的各个阶段，但转运仅在果实发育的早期活跃。 These results indicate several candidate genes related to the development of flower and fruit in black pepper and provide a resource for future functional analysis and potentially for future crop improvement.

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