湿疣acuminata (CA),或生殖器疣,良性增生性表皮或粘膜病变是由人类乳头瘤病毒(HPV)感染引起的,主要是低风险类型6和11所示。人乳头状瘤病毒变种病毒序列被定义为共享的身份L1基因核苷酸序列的超过98%。根据这一标准,HPV6和11个研究了变异血统,还有正在试图将这些基因变异与不同的临床感染的结果。因此,本研究的目的是检测变异和核苷酸变化出现在人乳头状瘤病毒类型的E6地区6和11 CA样本中发现,关联人乳头状瘤病毒与clinical-pathological数据存在的患者,并确定系统发育关系变异从世界上其他地方。E6地区25 HPV6样本和7 HPV11样本CA放大使用与特定的引物PCR。克隆载体的产品的结扎和五个殖民地的每个样本测序观察核苷酸的改变。十二个样品被确认为HPV6B3变异,变异(鸟嘌呤)G474A(腺嘌呤),其中一个还显示突变T369G(胸腺嘧啶)。其他阳性13例HPV6B1没有核苷酸变化。HPV11样本的分析,所有的病人显示,突变T137C和C380T(胞嘧啶)。一个病人也提出了核苷酸改变T410C。 None of the mutations found in the 32 analyzed samples resulted in amino acid changes. Patient age, local occurrence, and HIV infection did not show significant association with HPV infection. Besides, the data found in this study did not show a relationship with the geographical region of isolation when compared to other data from different regions of the world. In this way, despite the nucleotide alterations found, it was not possible to observe amino acid changes and variants grouping according to geographical region.
湿疣acuminata (CA)、生殖器疣是良性增生性表皮或粘膜病变。古典CA早已公认的组织病理学特征和特点是棘皮症,乳头瘤样增生,角化过度,角化不全,koilocytosis [
乳头状瘤病毒是圆形的,一个二十面体组成的双链DNA病毒衣壳52-55 nm直径8 kb的基因组长度(
前研究评估遗传变异的控制区域(LCR)和E6地区使用标准参考基因组比较的目的(
攻击性差异人类乳头瘤病毒6和11个不同情况下相同的基因型可能与intratypical遗传学变异(
Seedat等人发现重复的HPV6电感电容电阻测量,可能导致增强启动子活动。因此,可能会导致增加重复的致癌潜力HPV6变异归因于过度E6、E7 [
另一方面,Flores-Diaz等人没有遵守协会具体HPV11变异与临床疾病。这些可以解释为更高的保护HPV11 HPV6[相比
人乳头状瘤病毒多样性的分析是非常重要的未来的疫苗策略和评估疫苗成功在免疫力低下的个人
HPV感染可能与一些相关的风险因素,比如高的性伴侣数量,早期的年龄开始性行为,吸烟,怀孕,酒精,和以前的性传播疾病(性病)[
因此,我们的目标是评估E6早期基因变异性HPV6和HPV11 CA中发现从一群巴西获得患者的样本和相关的临床病理资料。我们还进行了系统发育分析比较核苷酸序列中确定我们的研究与先前描述隔离从世界的其他地方。
伦理研究伦理委员会的许可获得生物科学研究所的信件和确切的圣保罗州立大学的科学,在圣荷西市的里约热内卢Preto,车牌号码1.529.236。
本研究评估25阳性样本HPV6和7 HPV11阳性样品。32个样本孤立从手术活检获得的部分从女性生殖器和肛周病变患者参加临床医院圣保罗大学的医学院的小溪Preto。患者年龄介于16至78岁,平均年龄为26年。当地发生病变的百分比分析患者肛周的生殖器区域的50%和34.4%;15.6%的样本显示(表的任何信息
表征的32个样本关于因素年龄、病变,艾滋病毒合并感染、饮酒和吸烟。
样本 | 年龄 |
湿疣 | 人乳头状瘤病毒类型 | 艾滋病毒 | HIV病毒载量(HIV - 1 RNA拷贝/毫升) | 酒精消费 | 吸烟 |
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BR_CA26_A2 | 51 | - - - - - - | HPV11 | 负的 | < 50 | - - - - - - | 没有 |
BR_CA13_B1 | 26 | 肛周的 | HPV6 | 负的 | < 50 | 没有 | 没有 |
BR_CA01_B3 | 42 | - - - - - - | HPV6 | 负的 | < 50 | 没有 | 是的 |
BR_CA27_A2 | 49 | 生殖器 | HP11 | Pos | 11543年 | 是的 | 是的 |
BR_CA02_B3 | 22 | 生殖器 | HPV6 | 负的 | < 50 | - - - - - - | 没有 |
BR_CA03_B3 | 50 | 肛周的 | HPV6 | 负的 | < 50 | 没有 | 是的 |
BR_CA14_B1 | 20. | 肛周的 | HPV6 | 负的 | < 50 | 是的 | 没有 |
BR_CA28_A2 | 39 | 生殖器 | HPV11 | 负的 | < 50 | 没有 | 没有 |
BR_CA15_B1 | 37 | 肛周的 | HPV6 | 负的 | < 50 | 没有 | 没有 |
BR_CA16_B1 | 24 | - - - - - - | HPV6 | 负的 | < 50 | - - - - - - | - - - - - - |
BR_CA29_A2 | 26 | 生殖器 | HPV11 | Pos | 18656年 | 是的 | 是的 |
BR_CA04_B3 | 42 | 生殖器 | HPV6 | 负的 | < 50 | 没有 | 没有 |
BA_CA17_B1 | 78年 | - - - - - - | HPV6 | 负的 | < 50 | 没有 | 没有 |
BR_CA05_B3 | 21 | 生殖器 | HPV6 | 负的 | < 50 | 没有 | 没有 |
BR_CA18_B1 | 21 | 生殖器 | HPV6 | 负的 | < 50 | 没有 | 没有 |
BR_CA06_B3 | 45 | 生殖器 | HPV6 | Pos | 20657年 | 没有 | 是的 |
BR_CA30_A2 | 29日 | 生殖器 | HPV11 | Pos | 25678年 | - - - - - - | 是的 |
BR_CA32_A2 | 29日 | 生殖器 | HPV11 | Pos | 22980年 | - - - - - - | 是的 |
BR_CA07_B3 | - - - - - - | - - - - - - | HPV6 | Pos | 15000年 | - - - - - - | - - - - - - |
BR_CA08_B3 | 39 | 肛周的 | HPV6 | Pos | 35678年 | - - - - - - | - - - - - - |
BR_CA31_A2 | 22 | 肛周的 | HPV11 | 负的 | < 50 | - - - - - - | |
BR_CA19_B1 | 16 | 生殖器 | HPV6 | 负的 | < 50 | 没有 | 没有 |
BR_CA09_B3 | 23 | 生殖器 | HPV6 | 负的 | < 50 | 没有 | 是的 |
BR_CA10_B3 | 21 | 生殖器 | HPV6 | 负的 | < 50 | - - - - - - | - - - - - - |
BR_CA20_B1 | 53 | 肛周的 | HPV6 | 负的 | < 50 | - - - - - - | 是的 |
BR_CA11_B3 | 24 | 肛周的 | HPV6 | 负的 | < 50 | - - - - - - | - - - - - - |
BR_CA12_B3 | 21 | 生殖器 | HPV6 | 负的 | < 50 | 没有 | 没有 |
BR_C21_B1 | 33 | 生殖器 | HPV6 | 负的 | < 50 | - - - - - - | |
BR_C22_B1 | 19 | 生殖器 | HPV6 | 负的 | < 50 | 没有 | 没有 |
BR_C23_B1 | 19 | 肛周的 | HPV6 | 负的 | < 50 | 没有 | 没有 |
BR_C24_B1 | 27 | 肛周的 | HPV6 | 负的 | < 50 | - - - - - - | - - - - - - |
BR_C25_B1 | 17 | 肛周的 | HPV6 | 负的 | < 50 | 没有 | 没有 |
副标题:-:缺乏信息;否定:消极;Pos:积极的。
这些样本的DNA提取使用苯酚氯仿的协议(
对于核苷酸变异分析,完整的HPV6和HPV11-positive E6基因序列样本放大使用与特定的引物PCR (HPV6: F: 5′GGGGGATCCGAATTCATGGAAAGTGCAAATGC 3′和R: 5′GGAAGACATGTTACCCTAGGATCCAAGCTTCAC 3′;HPV11: F: 5′AAAATTAGCAGACGAGGCATT 3′和R: 5′AGATGAGGTGGACAAGGTGG 3′) (
获得更可靠的测序数据,放大E6地区从每个病人结扎pJET1.2 /钝的克隆载体克隆喷气PCR克隆工具(美国马萨诸塞州热科学)后,制造商的指示。克隆的产品转换(
纯化产品通过桑格测序方法使用克隆载体引物(pJET1.2向前测序引物:5′CGACTCACTATAGGGAGAGCGGC 3′和pJET1.2反向测序引物:5′CTGCCATGGAAAATCGATGTTCTT 3′)。
序列质量评估使用Electropherogram质量分析程序,网上在<
所有序列都是编辑使用BioEdit 7.0.9.0包删除向量碎片和分析仅仅E6的完整序列的基因。原型序列之间的对齐HPV6A(加入数字:X00203) nonprototype序列HPV6B1(加入数字:AF092932) HPV6B2(加入数字:FM875941)和HPV6B3(加入数字:L41216) HPV11A1参考序列(加入数字:M14119)和HPV11A2(加入数字:FN870447),和这一研究获得的序列使用CLUSTAL W软件执行嵌套在BioEdit 7.0.9.0包(
生成的序列在本研究中被提交给基因库;补充表中加入数字列出
执行系统发育分析,数据集被组装,包括核苷酸序列生成在这项研究中,参考序列,和其他序列可以在基因库对于每个人乳头状瘤病毒类型。HPV6和HPV11数据集包括184年和101年的核苷酸序列,分别与453年残留。所有的序列的基因库加入数字补充表中给出
系统发育树重建的最大似然方法使用
克鲁斯卡尔-沃利斯检验是用来确定如果有重大关联人乳头状瘤病毒和HIV病毒载量和人乳头状瘤病毒之间存在和病人的年龄。HIV病毒载量的样品是由支链DNA试验(熟练的艾滋病毒RNA测试,版本3.0,量化50拷贝/毫升的下限;西门子医疗、德国埃朗根)和值高于50 hiv - 1 RNA拷贝/毫升被认为是hiv阳性。
皮尔逊卡方、似然比卡方和费舍尔的确切测试是用来确认协会人乳头状瘤病毒感染的危险因素(艾滋病毒的存在)。这些测试也用于分析核苷酸变化之间的关系和病变的解剖位置。
对于年龄因素,61.3%的患者16 - 29岁之间,和38.7%的30多岁。然而,无论是病人年龄还是当地发生HPV6和HPV11存在显著相关。相关风险因素,21.9%的患者的艾滋病毒检测,统计分析并没有显示出显著的人乳头状瘤病毒和人乳头状瘤病毒合并感染之间的联系。是不可能执行统计分析HPV感染,饮酒,吸烟,因为丢失的患者数据。
25 HPV6样本序列分析后,指出它是12(48%)样品属于HPV6B3 (L42216)变体和所有这些样本将G474A突变相比原型E6序列。此外,样本BR_CA06_B3显示一个核苷酸改变在基因组的位置369,从T G(表组成的变化
E6基因的核苷酸改变HPV6隔离。基因组的位置显示在表的上方,垂直和突变。守恒的核苷酸与参考序列灰色所示。列“样本数”表示的数量的病人隔离指定的版本完全相同。
HPV6样品 | 核苷酸位置 | |||
3 | 4 | 数量的样品 | ||
6 | 7 | |||
9 | 4 | |||
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||||
B3 | B3_ref | T | G | |
BR_CA01、BR_CA02 BR_CA03、BR_CA04 BR_CA05, BR_CA07, BR_CA08, BR_CA09, BR_CA10, BR_CA11 BR_CA12 |
|
一个 | 11 | |
BR_CA06 | G | 一个 | 1 | |
|
||||
B1 | B1_ref | T | 一个 | |
BR_CA13、BR_CA14 BR_CA15、BR_CA16 BR_CA17, BR_CA18, BR_CA19, BR_CA20, BR_C21, BR_C22, BR_C23, BR_C24 BR_C25 |
|
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13 |
Modeltest进行确定最佳替代模型系统发育重建。HPV6数据集替换模型选择是Tamura-Nei + I + G (TrN + I + G)。最大似然系统发育树重建使用PhyML基于所选模型引导1000复制。
获得的系统发育树的分析分为两个主要分支,分支强劲的支持(图
拔起最大似然系谱树184年HPV6变异重建基于数据集的核苷酸序列达到新高:453残留+ I + G 1000复制的替代模型和引导。值70%以上被认为是重要的。(非洲变体:房颤;澳大利亚的变体:来自;巴西变种:溴;斯洛文尼亚变体:SL)红色:HPV6A;绿色:HPV6B1;紫色:HPV6B2;蓝色:HPV6B3。序列在黑色HPV6B无法分为sublineages。
七HPV11样本分析显示,所有样本属于HPV11A2变体只是示例BR_CA28_A2核苷酸改变T410C(表
E6基因的核苷酸改变HPV11隔离。基因组的位置显示在表的上方,突变是水平。列“样本数”表示的数量的病人隔离指定的版本完全相同。
人乳头瘤病毒11个样本 | 核苷酸的样本 | |
410年 | 数量的样品 | |
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A2 (LP19-FN 870447) | T | |
BR_CA28 | C | 1 |
Modeltest被用来确定最佳替代模型系统发育重建和HKY模型被选中。最大似然系统发育树重建使用PhyML基于所选模型引导1000复制。
系统发育树隔离成两个主要分支。其中之一,86年的引导,包含HPV11A1原型序列(M14119) LZod45变体,隔离来自其他研究(图
拔起最大似然系谱树101年HPV11重建基于数据集的核苷酸序列达到新高:453残留+ I + G 1000复制的替代模型和引导。值70%以上被认为是重要的。(澳大利亚变体:来自;巴西变种:溴;斯洛文尼亚变体:SL)红色:HPV11A1;蓝色:HPV11A2。
HPV11 E6、E7蛋白扮演重要角色在确保生产病毒生命周期,促进游离病毒基因组的维护(
在这项研究中,12 CA样本属于HPV6B3变体,它们有一个核苷酸改变474人乳头状瘤病毒基因组的位置。这种突变被发现在澳大利亚肛门与生殖器的样品(
在系统发育分析,它是不可能观察到基因变体分布根据地理区域的病毒是孤立的,当观察到人类乳头瘤病毒16和18。这两种类型的人乳头状瘤病毒的起源和在非洲进化然后传播多元化通过人类的迁移。因此,变异在几个不同地理位置(
还需要更多的研究来分析HPV intratypic基因变异的影响增加致癌的风险发展(
人类乳头瘤病毒感染的危险因素可能包括生殖器接触,早期的性行为,一生的性伴侣数量,以前的性传播疾病,吸烟,饮酒
在目前的研究中,可以观察到12 HPV6B3变异,所有这些G474A突变。一个HPV6B3示例还显示T369G突变。其他HPV6样本确定为核苷酸改变HPV6B1变体,没有礼物。T410C变更被发现在一个HPV11样本。系统发育分析显示之间没有联系的地理或解剖部位HPV检测和HPV6 HPV11变体。
鸟嘌呤
腺嘌呤
胸腺嘧啶
胞嘧啶
湿疣acuminata
人类乳头状瘤病毒
人类免疫缺陷病毒
乳头瘤病毒
性传播疾病
聚合酶链反应
氯化镁
Deoxynucleotide
Luria-Bertani
基本的局部比对搜索工具。
“序列”数据,支持本研究的发现与加入代码存入基因库“MF375424”、“MF375425”、“MF375426”,“MF375427”、“MF375428”,“MF375429”、“MF375430”,“MF375431”、“MF375432”,“MF375433”、“MF375434”,“MF375435”、“MF375436”,“MF375437”、“MF375438”,“MF375439”、“MF375440”,“MF375441”、“MF375442”,“MF375443”、“MF375444”,“MF375445”、“MF375446”,“MF375447”、“MF375448”,“MF375449”、“MF375450”,“MF375451”、“MF375452”,“MF375453”、“MF375454”,“MF375455”。
所有程序中执行研究涉及人类受试者按照道德标准机构和/或国家研究委员会1964年赫尔辛基宣言及其后来的修正案或类似的道德标准。
知情同意是获得所有个体参与者包括在这项研究中。
所有作者同意出版。
作者宣称没有利益冲突。
本研究支持Fundacao德帕罗尽管Estado de圣保罗(FAPESP,必须占州政府批准号2015/06628-7)。
表1:寡核苷酸序列组成PGMy09 PGMy11。
表2:序列生成的研究及其加入数字基因库。
表3:HPV6和HPV11序列可以在基因库用于系统发育分析(